har du kigget på pentahos kedel (eller pentaho dataintegration)? http://kettle.pentaho.org/
vi bruger det til at kopiere og holde synkroniserede forskellige databasesystemer, såsom mssql<->mysql, som ser ud til at være det, du beder om.
kedel er endnu mere kraftfuld end det, så du kan forespørge i ldap-databaser, lige tekstfiler osv...
dets diagramværktøj ligner i udseende og følelse Microsofts dts (men mere kraftfuldt, imho)