For det første, bare for at være sikker, vil det nye felt være en BIGINT ... korrekt?
Kan du bruge eksplicit indstøbning for at forhindre overløb?
SELECT CAST(TO_DAYS(Timestamp)*86400 + TIME_TO_SEC(Timestamp) AS UNSIGNED INTEGER)
Eller brug måske en mellemstreng, før du udfylder den nye BIGINT felt?
SELECT CAST(TO_DAYS(Timestamp)*86400 + TIME_TO_SEC(Timestamp) AS UNSIGNED CHAR(11))