I din mysql-konfigurationsfil (normalt /etc/mysql/my.cnf) bør du have en datadir-egenskab, som er det sted, hvor mysql gemmer sine data
Noget som:
datadir = /var/lib/mysql
Den opretter derefter en undermappe inde i den for hver database, hvor den gemmer databaseindholdet (f.eks.:/var/lib/mysql/mydatabase). Så vidt jeg ved, kan du ikke angive en bestemt database, der skal gemmes uden for datadir.