For at løse denne fejl satte jeg denne på min App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Hvorfor? Det er muligt, at konfigurationerne ikke styrer placeringen af MySqlEFConfiguration.
Jeg bruger her kun Mysql , Jeg ved ikke, om dette virker på SQLServer og Mysql togueter.
Til dit problem kan dette link være nyttigt:Link
Og du kan have 2 adskilte configuration.cs-filer. En til MySql og andet til MSSQL