Har du overvejet at bruge "IN"-klausulen på MySQL?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Du ville sandsynligvis have noget som:
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(rediger: glemte at tilføje parentesen omkring "i"-indholdet)