Som andre har sagt, bør du virkelig bruge PDO. Men for at besvare dit spørgsmål er mysql_num_rows din løsning.
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database