Din nuværende teknik virker praktisk nok. Bare en lille ændring.
I stedet for at vente på fejl og derefter oprette kolonner én efter én, kan du bare eksportere skemaet, lave en forskel og finde ud af alle de manglende kolonner i alle tabellerne.
På den måde ville det være mindre arbejde.
Din gui vil kun være i stand til at eksportere skemaer, eller følgende switch på mysqldump vil være nyttig til at finde ud af alle de manglende kolonner.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Forskellen mellem dbdump1.sql og dbdump2.sql vil give dig alle forskellene i begge databaser.