Var færdig med at skrive spørgsmålet, da svaret ramte mig, så postede alligevel for videndeling!
Jeg indså, at returværdien af metafonfunktionen var UTF8.
Sammenligningen med et latin1 felt medførte tydeligvis en ret tung ydeevne.
Jeg erstattede variabeltildelingen med:
SET @metaphone_val:= CONVERT(double_metaphone(p_parameter) USING latin1);
Nu kører forespørgslen så hurtigt, som jeg ville forvente.