Som du påpegede i spørgsmålet, er en mulig bivirkning ved automatisk genforbindelse (hvis det gøres på et niveau pr. udsagn), at det ikke er transaktionssikkert.
MySQL dokumentationen angiver faktisk eksplicit, at funktionen automatisk gentilslutning påvirker transaktioner:
Ansøgninger, der ikke er skrevet til at håndtere dette, kan nemt gå i stykker. Dokumentationen angiver også en række andre bivirkninger forårsaget af funktionen til automatisk gentilslutning, som alle kan forårsage, at applikationer, der ikke er skrevet til at forudse, at adfærden fungerer forkert eller mislykkes.
Desuden, hvis forbindelsen til databasen pludselig mistes, frigiver serveren muligvis ikke korrekt låse, der blev holdt af forbindelsen, så det lyder som om, at et program kan gå i stå i nogle tilfælde:
Rediger:MySQL-dokumentationslinket i svaret ser ikke ud til at eksistere nu. Find den opdaterede dokumentation her