Først og fremmest skal du bruge klasser til dine udvalgte i stedet for et id. jQuery returnerer kun ét element, når du bruger et id. Derefter vil følgende funktion konvertere alle værdier af de markeringer, du giver som parameter som en matrix.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

Så:

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Skal for eksempel returnere:

[1,3,2]