Du kan lave SSH-tunnelkomponenten helt uafhængigt og derefter pege node-mysql (eller enhver anden sql-klient...) til din DB ved at bruge TCP tunneleret over SSH.
Bare konfigurer din SSH-tunnel sådan her
ssh -N -p 22 [email protected] -L 33306:localhost:3306
Lad det gå i baggrunden (se artikler som denne for mere dybdegående info).
Send derefter en hvilken som helst MySQL-klient til port 33306 på localhost. Det vil faktisk oprette forbindelse, som om du er på din fjernserver og bruger port 3306.