1. Fordi mysql er designet på denne måde. Den fortolker koden og transformerer den til kanonisk form for at køre den under enhver sql mode indstilling, og i denne proces går alle indrykninger tabt. Jeg ville ikke engang forvente, at en rdbms gemmer kommandoen på en pænt formateret måde. Det er ikke dens formål.
2. Gem visningerne, lagrede procedurer, tabeller osv. pænt indrykket kode i dit versionskontrolsystem, hvor de hører hjemme.