Jeg havde præcis det samme problem. Kører kill kommando ville dræbe processen, men i mit tilfælde ville den blive ved med at dukke op igen under et andet proces-id.
Den eneste måde, jeg kunne finde ud af, hvordan jeg skulle stoppe det for altid, var denne:
sudo stop mysql
Håber det hjælper.
Kilde:http://www.itfromscratch.com/ how-to-stop-the-percona-mysql-server/