docker-entrypoint-initdb.d mappen vil kun blive kørt én gang, mens containeren er oprettet (instantieret), så du faktisk skal lave en docker-compose down -v for at genaktivere dette til næste kørsel.
Hvis du vil være i stand til at tilføje sql-filer til enhver tid, kan du se her på et specialiseret MySql docker-billede... http ://ivo2u.nl/o4