Det er rigtigt, at begge former for syntaks skal give det samme resultat, og internt udfører MySQL dem begge på nøjagtig samme måde. Nuværende versioner af SQL-standarden understøtter begge former, selvom komma-stilen kun understøttes af hensyn til bagudkompatibilitet.
Der er et tilfælde, hvor brugen af komma-stil syntaks mislykkes, men det er eksotisk:
SELECT * FROM A, B JOIN C ON C.x = A.y;
JOIN operatoren har højere forrang end kommaet. Så da ovenstående forespørgsel forsøger at evaluere C.x = A.y den ved ikke engang det A er en del af forespørgslen. Så du får en fejlmeddelelse:
ERROR 1054 (42S22): Unknown column 'A.y' in 'on clause'
Det bedste middel er at bruge JOIN syntaks konsekvent i stedet for at blande dem.
Du kan heller ikke lave ydre joinforbindelser med komma-join-syntaksen. Oracle og Sybase/Microsoft opfandt hver deres egen proprietære syntaks til håndtering af ydre joinforbindelser, men ingen af dem understøttes af andre mærker af RDBMS. I dag understøtter alle nuværende versioner af RDBMS inklusive Oracle og Sybase/Microsoft standarden JOIN syntaks, så der er ingen god grund til at bruge de ældre leverandørspecifikke udvidelser.