Bruger du InnoDB-tabeller eller MyISAM-tabeller? MySQL understøtter ikke transaktioner på MyISAM-tabeller (men det vil ikke give dig en fejl, hvis du prøver at bruge dem). Sørg også for, at dit transaktionsisolationsniveau er indstillet korrekt, det skal være SERIALIZABLE, hvilket ikke er standard for MySQL.
Denne artikel har et godt eksempel, der forklarer virkningen af de forskellige isolationsniveauer ved hjælp af et eksempel, der ligner dit.