Ja, det kan have en effekt.
Selvfølgelig tager de to indekser ekstra plads på disken og også i hukommelsen, hvis de bruges.
Men de får også forespørgselsoptimeringsværktøjet til at gøre mere arbejde for at beregne fordelene ved hvert indeks under hver SELECT. Jo flere indeks du har, jo flere sager skal den sammenlignes. Så det betaler sig at fjerne virkelig overflødige indekser.
Som andre også har bemærket, opdateres indekser under INSERT/UPDATE/DELETE operationer, så jo flere indekser du har, jo mere overhead repræsenterer dette. Indekser, der bliver brugt meget, retfærdiggør deres egne overhead, men duplikerede indekser tager mere overhead uden yderligere fordele at matche.
Hvis du er interesseret, har Percona Toolkit et værktøj pt-duplicate-key-checker der søger i alle dine tabeller efter sager som dette.