Jeg havde det samme problem. Jeg fandt ud af, at den første instans, du åbner, bare fortsætter med at snurre, når du forsøger at køre simple udvalgte sætninger uden, hvad der synes at være nogen grund. Du kan ikke engang lukke fanen, når den er åben, uden at lukke hele MySQL Workbench. Men hvis du åbner den samme instans igen, ser det ud til at fungere fint.