Jeg vil anbefale dig at starte partitionering din tabel efter ID eller dato. Partitionering opdeler en stor tabel i flere mindre tabeller i henhold til en defineret logik (som at opdele den efter datointervaller), hvilket gør dem meget mere overskuelig ydeevne og hukommelsesmæssigt. MySQL 5.1 har denne funktion indbygget, eller du kan implementere den ved hjælp af brugerdefinerede løsninger.
Ved implementering af lagring i en flad fil mister du alle fordelene ved en database - du kan ikke længere udføre forespørgsler, der involverer dataene.