Konfigurationsfilerne er fine. Grundårsagen er en fejl i MySQL 5.6-pakken til Ubuntu 16.04.
Hvis du tjekker din /var/log/syslog, vil du sandsynligvis se en linje som denne:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Et sikkerhedsværktøj kaldet AppArmor nægter adgang til en symlinked fil (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Prøv denne løsning, som gør det muligt at læse symbolske links af mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Nu skulle mysqld se din brugerdefinerede konfiguration.
Denne fejl ser ud til at være rettet i MySQL 5.7 Ubuntu-pakken.