Ifølge MySQL-dokumentationen kan du ikke bruge en join (som i andre databaser), for at lave en krydstabelopdatering, men i stedet bruge en where-klausul:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /da/update.html
Jeg tror, noget som dette burde virke:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID