AFAIK er den eneste måde at lave trinvise sikkerhedskopier på ved at bruge den binære log. Du har andre muligheder, hvis du vil lave fuld sikkerhedskopiering (InnoDB-hotcopy), men inkrementel betyder, at du skal logge alle foretagede transaktioner.
Du skal spørge dig selv, hvorfor du sikkerhedskopierer data. Da du har en slave til replikering, antager jeg, at sikkerhedskopien primært er til at gendanne data i tilfælde af utilsigtet sletning?
Jeg ville nok rotere logfilerne hver 1 time og tage en backup af den. Det betyder, at gendannelse vil efterlade dataene højst 1 time gamle, og du kan gendanne til et hvilket som helst tidspunkt siden det sidste fulde snapshot.