Jeg står over for det samme problem som dig, problemet opstår kun, når jeg bruger Opera eller chrome.
I mit tilfælde har jeg en .htaccess at pege hver ting til indeksfilen. Naturligvis vil browseren anmode om scriptet to gange, én gang for selve scriptet, den anden er til favicon.
Retningen: Prøv at redigere .htaccess for at forhindre omdirigering til indeksfilen, når browseren anmoder om favicon.ico