Jeg stod over for en lignende situation, hvor InnoDB blev deaktiveret efter en mysql-server-opgradering. Forespørgslen "vis motorer " viste ikke Innodb . Følger dette link løste problemet for mig.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart