Det eneste, der krævedes, var buffered skal indstilles til sand!
cursor = cnx.cursor(buffered=True)
Årsagen er, at uden en bufret markør indlæses resultaterne "dovent", hvilket betyder, at "fetchone" faktisk kun henter en række fra det fulde resultatsæt af forespørgslen. Når du vil bruge den samme markør igen, vil den klage over, at du stadig har n-1 resultater (hvor n er den indstillede resultatmængde), der venter på at blive hentet. Men når du bruger en bufret markør, henter connectoren ALLE rækker bag kulisserne, og du tager bare en fra connectoren, så mysql db ikke klager.