Jeg har også haft samme problem tidligere. Alt var sket efter at have flyttet databasefiler til en ny placering og efter opdatering af mysql-serveren. Alle tabeller med InnoDB-motor forsvandt fra min database. Jeg prøvede at genskabe dem, men mysql fortalte mig 1146: Table 'xxx' doesn't exist hele tiden indtil jeg havde genskabt min database og genstartet mysql service.
Jeg tror, der er behov for at læse om InnoDB tabelbinære filer.