Det officielle lager af PHP har et script kaldet docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Du glemte at installere den udvidelse, der er nødvendig for at køre PDO'en.
Prøv at oprette et docker-billede som dette:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql