./configure kommandoen er en del af kompileringsprocessen fra kildekoden.
Du kan enten kompilere fra kilden eller installere via pakkehåndtering. Jeg gætter på, at pakkehåndteringen i dit tilfælde er at foretrække.
Da pakkeadministratoren klager, kan du ikke have begge php-mysql og php-mysqlnd installeret.
Så du kan
yum remove php-mysql
før
yum install php-mysqlnd
Tjek derefter for succes via
php -m | grep mysqlnd
eller
php -i | grep mysqlnd