Jeg fandt årsagen til, at forbindelsen ikke virkede, det var fordi forbindelsen forsøgte at oprette forbindelse til port 8888, da den skulle oprette forbindelse til port 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Dette løste problemet, selvom ændring af servernavnet til localhost stadig giver fejlen.
Forbindelse mislykkedes:SQLSTATE[HY000] [2002] Ingen sådan fil eller mappe
Men den forbinder med succes, når IP-adressen er indtastet for servernavnet.