Sandsynligvis dine sourcecodes_tags tabel indeholder sourcecode_id værdier, der ikke længere findes i dine sourcecodes bord. Du skal slippe af med dem først.
Her er en forespørgsel, der kan finde disse id'er:
SELECT DISTINCT sourcecode_id FROM
sourcecodes_tags tags LEFT JOIN sourcecodes sc ON tags.sourcecode_id=sc.id
WHERE sc.id IS NULL;