Jeg havde et lignende problem og downloadede krukken fra http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker, hvilket fungerede godt.
Når du kigger på build.gradle i DaoGenerator-projektet finder du en afhængighed, der peger præcist på denne artefakt. Jeg gætter på, at du ved at bruge gradle til at bygge dit projekt automatisk downloader disse afhængigheder ligesom Maven gør. Hvis du ikke ønsker at bruge enten, er det sikkert fint at downloade og inkludere artefakterne manuelt.