Når du ftp filen, kopierer den faktisk den, hvor du forventer, med det korrekte navn? Du vil måske indsætte den absolutte sti til filen.
Jeg har en tendens til at få SSIS-pakken til at fungere fra kommandolinjen, før jeg prøver at køre den fra et program, lettere at fejlsøge på den måde.