Hvis du mener at læse data fra to ark og blande dem for at lave "kombinerede" poster, som du indtaster i databasen, hvor du har FK sat, så burde det være muligt.
Læs Læsning af Excel-celler ved hjælp af C#
Du kan åbne de ark, som du får adgang til i en løkke, men du bliver nødt til at koordinere databygningen fra dine ark.