Du har flere muligheder:
Enhver af disse tilgange burde få arbejdet gjort. Hvis det kun er scratch-arbejde, er det måske bedst at skrive en smid-app på dit yndlingssprog bare for at få dataene ind. Hvis det skal være en længere-levende løsning, vil du måske kigge nærmere på SSIS eller DTS, som de er lavet til denne type situation.