For dem, der støder på det samme problem:
Jeg fandt årsagen til, at det ikke virkede. "Native-SRC" indstillede sig ikke ordentligt (faktisk havde jeg ingen værdi overhovedet). Dette er faktisk hovedårsagen til, at jeg ikke kunne se noget. Nu uden god grund (eller mirakel), efter at have fjernet alt og genskabt alt, har jeg nu en Native SRC-værdi, og alt vises som forventet.
Faktisk var databasen, da jeg tilføjede den til GeoServeren, tabellerne sat med EPSG:0 (standard for geometri). Men du skal skifte EPSG til 4326 ved at lave en opdatering som denne:
update MyTable set MyGeom = geometry::...FromText(MyGeom.STAsText(), 4326)
Fjern derefter al reference i GeoServer til din tabel. Du skal faktisk genskabe alt fra bunden. Og når du vil tilføje din database igen med din tabel, vil det virke. Faktisk vil du se "Native-SRC", der skal indstilles af sig selv, og du kan også klikke på autoindstil BBOX'en for dit bord. (Min X, Y, Max X, Y)