Jeg løste det ved at tilføje nedenstående linjer i App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
og dette i Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Da denne proces tager meget lang tid, mere end 10 minutter, fandt jeg ud af, at jeg er nødt til at overskrive denne værdi med en højere værdi.