MERGE er generelt hurtigere, fordi der er færre DML-operationer, og det er også den anbefalede tilgang fra dokumentationen. På den "traditionelle" måde behandler du tabellerne to gange - én gang for at kontrollere, om der findes, og én gang for at udføre din DML. Med MERGE er alt indkapslet med én operation - deraf udstedt ét sæt låse, ét sæt logning osv. osv.
Det er dog ret subjektivt, hvad dine forespørgsler rent faktisk gør. Du bør nok tage et kig på Optimering af MERGE Statement Performance på MSDN.