Du har ret, det er forvirrende, at SQL Server giver dig mulighed for at oprette duplikerede indekser på samme felt(er). Men det faktum, at du kan oprette en anden, betyder ikke, at PK-indekset ikke også allerede eksisterer.
Det ekstra indeks hjælper ikke, men den eneste skade (meget lille) er den ekstra filstørrelse og overhead til oprettelse af rækker.