Jeg var i stand til at løse mit problem ved at afinstallere og derefter geninstallere alle bibliotekerne (som ubuntu-pakker), python-fortolkeren, al koden, ved at gengenerere databasen (inklusive geninstallere postgis) og derefter genstarte nginx fuldstændigt (og altså Gunicorn). Ingen biblioteker blev dog opdateret, så jeg forstår stadig ikke, hvad der egentlig skete.
