Jeg har formået at løse problemet. Der er ingen måde at indstille egenskaben i forbindelsesstrengen eller nogen af egenskaberne for NpgsqlConnection eller NpgsqlCommand .
Jeg var dog i stand til at indstille værdien af client_encoding i en forespørgsel. Så direkte efter at have åbnet forbindelsen udførte jeg først (ikke)forespørgslen:
set client_encoding = 'WIN1252'
Derefter brugte enhver efterfølgende kommando på den samme forbindelse den korrekte kodning og returnerede resultaterne uden klager.