Flask-Migrate læser ikke i databasen for at se afhængighederne mellem objekterne. Du kan opnå en vellykket migrering ved at omarrangere drop_table i din migreringsfil.
Det du kan gøre er at ændre migrationsfilen sådan:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
Og kør derefter opgraderingskommandoen. Normalt burde bestilling af faldet i denne rækkefølge løse problemet.