Et indeks på en tabel af den størrelse du nævnte burde generelt kunne droppes ret hurtigt (og bestemt hurtigere end 3+ minutter). Det lyder for mig som om tabellen/indekset var i brug, og derfor ikke kunne droppes.
Du kan bekræfte det ved at forespørge på pg_stat_activity tabel og leder efter aktivitet, der involverer den tabel, som du oprettede indekset på.