Efter at have læst SQLAlchemy-dokumenterne og lidt fiflet med db-instansen, fik jeg endelig løsningen. Tilføj db.get_engine(self.app).dispose()
i tearDown()
så det ser ud som:
def tearDown(self):
db.session.remove()
db.drop_all()
db.get_engine(self.app).dispose()
self._ctx.pop()