Det lykkedes mig endelig at ordne det. Problemet er ikke relateret til HikariCP. Problemet fortsatte på grund af nogle komplekse metoder i REST-controllere, der udfører flere ændringer i DB gennem JPA-lagre. Af nogle grunde resulterede opkald til disse grænseflader i et voksende antal "fastlåste" aktive forbindelser, hvilket udmattede poolen. Enten anmærkning af disse metoder som @Transactional
eller at omslutte al logikken i en enkelt opkald til transaktionstjenestemetode ser ud til at løse problemet.