Tag et databasedump, og versionskontroller det i stedet for. På denne måde er det en flad tekstfil.
Personligt foreslår jeg, at du beholder både et datadump og et skemadump. På denne måde ved at bruge diff bliver det ret nemt at se, hvad der ændrede sig i skemaet fra revision til revision.
Hvis du laver store ændringer, bør du have en sekundær database, som du laver de nye skemaændringer til og ikke rører ved den gamle, da du som du sagde, laver en gren.