Dette er en måde at gøre det på. Bestil først efter nummeret før . og derefter med tallene efter .
select version_number
from mytable
order by substr(version_number, 1, instr(version_number,'.')-1) desc
,length(substr(version_number, instr(version_number,'.')+1)) desc
,substr(version_number, instr(version_number,'.')+1) desc